中國科學院南京地質古生物研究所成立于1951年，其前身為前中央研究院地質研究所及前中央地質調查所等機構的古生物室(組)，目前是我國唯一的從事古生物學(古無脊椎動物學與古植物學)和地層學研究的專業機構。 著名地質古生物學家、中國科學院副院長李四光教授為首任所長（兼），此后斯行健院士、趙金科院士、吳望始研究員、曹瑞驥研究員、穆西南研究員、沙金庚研究員、楊群、詹仁斌研究員先后任所長，現任所長王軍研究員。
歡迎社會各界朋友、學術界同仁和古生物愛好者訪問本所網站！ 本所擁有一大批專業人才，其中14位科學家先后當選為中國科學院院士，眾多專家在國際學術組織中擔任主席、副主席、選舉委員和通訊委員等職。
古生物學與油氣地層應用重點實驗室
古無脊椎動物學研究室
微體古生物學研究室
古植物學與孢粉學研究室
新生代生物演化與環境研究室
澄江古生物研究站
周志炎院士
戎嘉余院士
陳旭院士
截至2022年12月，本所共有在編職工180人，中國科學院院士3人。研究所有6位學者獲得國家自然科學基金委“杰出青年基金”資助，4位學者獲得“優秀青年基金”資助，5位學者入選國家高層次人才計劃。本所李四光、斯行健、趙金科、穆恩之、王鈺、盧衍豪、李星學、顧知微、盛金章、周志炎、戎嘉余、金玉玕、陳旭和沈樹忠等14位科學家先后當選為中國科學院院士。
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